Zwycięzca III ligi Bałtyckiej zagra mecze barażowe o awans do II ligi
Nominalnie spadają zespoły z miejsc 9-16, jednak Ilość drużyn spadających z III ligi ulega zwiększeniu o ilość drużyn z terenu województwa zachodniopomorskiego i pomorskiego spadających z II ligi
W przypadku, gdy zwycięzca III ligi Bałtyckiej nie wygra baraży o awans do II ligi drużyna, która zajmie 8. miejsce (lub inne wyższe miejsce zależne od punktu wyżej) w III lidze Bałtyckiej także spada do odpowiedniej IV ligi
Zespoły, które pozostaną w III lidze w sezonie 2016/2017 zagrają w III lidze gr. II w skład, której wejdą zespoły z województw Kujawsko-Pomorskiego, Wielkopolskiego, Pomorskiego i Zachodniopomorskiego
Chemik Police wycofał się z rozgrywek po rundzie jesiennej
Gwardia Koszalin utrzymała się bowiem dzięki brakowi licencji w II lidze dla Zawiszy Bydgoszcz i Nadwiślana Góra utrzymał się Gryf Wejherowo.